Stadlern wird 1363 erstmals als Pfarrei genannt. Wahrscheinlich befand sich schon zu dieser Zeit in Stadlern eine Kirche, die vielleicht von Ottokar II. Přemysl bei einem Überfall im Jahre 1266 zerstört wurde. Die heute vorhandene Kirche wurde um 1400 erbaut. Aus dieser Zeit ist der gotische Chor mit Kreuzrippengewölbe erhalten. 1431 nach der Niederlage des kaiserlichen Heeres bei Taus verwüsteten die Hussiten Stadlern und seine Kirche. 1526–1627 war Stadlern abwechselnd lutherisch und kalvinisch und die Bevölkerung musste je nach Obrigkeit fünfmal den Glauben wechseln. In dieser Zeit war die Stadlerner Kirche geschlossen. Die Wallfahrt kam jedoch trotzdem nicht zum Erliegen. Die mitgebrachten Opfergaben wurden von den Wallfahrern durch die zerbrochenen Fenster in die Kirche geworfen. Unter Kurfürst Maximilian I. wurde Stadlern 1627/28 wieder katholisch. 1665 wird im Bistumsmatrikel Stadlern als Filiale von Schönsee mit der Kirche „Beatae Mariae Virginis“ erwähnt.1768/69 wurde unterstützt vom Herrschaftsinhaber Friedrich Karl Karg von Bebenburg und der Rittmeistersgattin Ursula von Thiolar, geborene Portner von Theuern, zusammen mit der Bevölkerung eine Seelsorgerstelle geschaffen – ein Kuratbenefizium. Dies war bis 1980 besetzt.
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